Hier werden vor allem Erkrankungen des Zentralen Nervensystems, z. B. nach einem Schlaganfall, Schädel-Hirn-Verletzungen etc. behandelt. Schäden können auch schon bei der Geburt entstehen, z. B. durch Sauerstoffmangel. Diese weisen in der Regel sehr komplexe Störungsbilder auf, die sich vergleichsweise langsam und nur selten vollständig zurückbilden.
Eine Behandlung in diesem Bereich beinhaltet z. B. Hemmung/Abbau krankhafter Haltungs- und Bewegungsmuster und Erlernen bzw. Üben normaler Bewegungen, Erlernen von Ersatzfunktionen, Training von Alltagsaktivitäten im Hinblick auf die persönliche, häusliche und berufliche Selbstständigkeit
u. v. m.
Um die oben beschriebenen Ziele zu erreichen, greift die Physiotherapie auf verschiedene Behandlungsansätze zurück, wie z. B. auf die Krankengymnastik nach Bobath.